判了他九年徒刑。判刑的时候他对犯罪情节和细节全部承认，就是不承认犯罪性质。他私自通过外商购进一批大烟，在国际上引起了轩然大波，帝国主义分子都在这件事上大做文章攻击新中国，严重破坏了新中国在国际上的声誉和形象，确实构成犯罪。而鲁杰认为没罪的原因是，他购进大烟是为制造药品而不是贩卖毒品，用大烟制造药品给人治病，和用大烟从事吸毒伤害人的生命，这完全是不同的性质，像用菜刀进行切菜和用菜刀进行杀人完全不同一样，这是完全从本质上不同的两个概念，怎么能把用菜刀切菜当作杀人来混乱逻辑判他有罪呢？他甚至指着公安人员的枪支又振振有词地讲演，用枪支来杀害人民和杀伤敌人在性质上是根本不同的，这是一个极简单的道理。于是就形成这样一种现象，他已经判刑入狱还不承认自己有罪。
他是入狱以后才承认自己有罪的，是监狱里的看守说服了他。看守说你主要是没经过政府批准购进大烟才犯了罪，犯了没批准的罪。这使他一下豁然开朗，再不在这个问题上胡搅蛮缠。看守并且说，因为你不是贩毒才从轻判了你九年，如果是贩毒就可以判你无期徒刑和死罪。这才使他一下惊醒，进入了犯人意识，原来从没有批准开始，就犯了罪。
一明白自己确实犯罪，就主动要笔要纸写出了长长的检查书，承认自己犯罪性质后，又认识到由于自己的犯罪行为严重伤害了新中国在国际上的声誉，这使他非常痛心而永远不能够原谅自己。因为他原本是要建设这个国家的，却破坏了这个国家。他感到难过。他马上表明态度从此开始一定接受改造，重新做人。不过使他遗憾的是检查认罪书写好之后，看守把笔和纸也拿走了，他十分想留下这两件好东西。但是看守告诉他，他的主要任务是改造自己，不能用这些东西。他虽然心里难受得很，但也不敢反驳。不过从这天起，不再痛苦，既然承认了犯罪，就要主动改造自己。并且开始主动逼迫自己适应新生活，而且马上就对牢房发生了浓厚的兴趣。
牢房里卫生条件差和吃饭水平低，他都认为不重要，这是因为我们国家一穷二白，经济条件上不能满足。他是觉得牢房这个空间对犯人构成的意义十分有意思。人生活在地球上，地球的吸引力永远把人牢牢拴在它上边，实际上地球对人就构成了牢房的意义。如果按照这个推想，牢房不过是地球上的一只小地球，从根本性质上并没有对人进行本质上的伤害。这样相比较，别人只不过生活在大地球上，自己只不过生活在小地球上。面积的大小之分便改变了性质，这使他对社会科学发生了兴趣。原来社会科学从面积的区分就能切进去，实在是有意思。他原来对社会科学一无所知，正好凭思考进行一些研究，这实在是一个好机会。对他来说，任何学习的机会都是宝贵的，发现了就应抓住不放。他一向认为知识无止境，应该活到老学到老。
他先思考犯罪，他觉得犯人只是做了一般人不敢做的事情，例如杀人放火。先放下杀人放火的性质不论，单是这杀人放火的行为，是远远超出了常人的行为习惯的，那么就说明这些行为对于平庸的常人行为是一种创造，这就说明犯罪行为实际上是一种创造行为和行为的创造。当他想到这一层次上时，笑了。因为他觉得科学家的创造和发明，也不过是在对这个世界的认识上超出了别的学问家，由思想认识的超出平庸和常规便形成了创造和发明。这实在有味道。从这一点上说，犯人的行为创造和科学家的认识创造在创造这一层次上，在超出常规平庸这一层次上原来是沟通的，他们都是创造者。创造者都是最富有活力的人，都是超出平庸和常规的人。那么这两类人相结合，就可以把认识创造落实在行为创造上边，就可以推动历史的向前发展。如果这些行为创造者不是犯罪而是有益的劳动，那么这两种人便是人类中最优秀的分子了。从这一点上看待自己，原来自己具有天生的犯罪意识，把自己关进牢房一点也不委屈，因为这并没有改变和降低自己的优秀属性和品格。就是进了牢房，自己仍然不是平庸的人。他最害怕的不是进牢房，而是当平庸的人和被认为是平庸的人。
认识到这一点，他一下觉得社会科学太简单无味，社会科学的全部内容不过是把人们的一切有害行为改变成有益的行为，从精神到物质，全从这里起源和结果。认识到这一点，他也就找到了改造自己的原因和作用，甚至他已经觉得从认识到这一层次上的那一刻，自己就已经改造好了，对于他这种科学工作者今后只注意发生行为时让政府批准就是了，就是这么简单。那么余下来的事情就是怎么用掉这九年的时光，一想到要用掉九年的时光他又难受起来。从这里他发现了法律的不合理性，如果说判刑是为了改造犯人、让犯人重新做人，就不应该用时间这个标准来衡量。有的人改造一辈子不见得就能改造好，是天才的人可能一个晚上就改造好了，例如自己就属于后者。最合理最科学的法律应该是在犯人改造好的那一刻就终止服刑，让他出狱重新工作。不然，这是多么浪费人才和浪费财富，甚至浪费生命，更甚至浪费发展历史的速度呀。这说明社会科学和自然科学一样，还太落后太落后了。但是，发展和进步是要用时间这个代价来实现和进行的，他没有能力改变这个现状，在这个落后的社会科学面前他感到了无能为力。他为找不到利用这九年的时光而痛苦万分不能忍受，于是怎么利用这九年的时光又成了他最新的最困难的研究课题。他像进入实验室一样，又进入了研究状态。一进入这种状态就进入了一种疯狂，对什么别的事情从本能上进行排斥，没有任何东西能分散他的精力和引起他的关注。恰好这时候他的夫人带着新生的女儿来探望他，政府让她进行改造，问她是下工厂还是回农村，她特来征求他的意见。他竟然没有认真考虑就说，想回老家看看就回老家吧。一句话，就这么轻易决定了他家属的命运，使他的夫人带着新生的女儿离开大都市上海，回到了洛宁县鲁家洼当了农民。接到从洛宁山乡的来信时，他才明白全家人都在洛宁山区安家落户再不能回上海了。不过这种小小的不愉快一闪即逝，他又迅速回到了疯狂的研究状态里，把老婆孩子忘了。
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