竟大肆狂吠，不可恕矣！
封建时代，皇权威赫，办事效率有时候特别高。乾隆帝朱批下来，当天军机处就有了反应，马上有奏折呈递，表示大臣们一定即刻严办尹嘉铨：
臣等遵旨，将尹嘉铨所进二折交行在大学士九卿阅看。据三宝等跪称，尹嘉铨身列九卿，休致家居，乃不思循分守法，辄欲为伊故父奏请赐谥，实属谬妄。蒙皇上念其为父私情，批示宽免，已属恩施格外。及复有奏请，将伊父从祀孔庙一折，丧心病狂，实出寻常意料之外！尹嘉铨如此狂悖，不啻天夺其魄。臣等阅看之下，不胜骇异，自应重治其罪，以彰国宪……（军机处档案《军机处奏》）
于是，大学士英廉亲自牵头，开始严查尹嘉铨。一行人迅速行动，翻箱倒柜，查抄了尹嘉铨在北京的家产。直隶总督袁守侗当然也不敢闲着，在尹嘉铨老家博野，把尹嘉铨家的祠堂、祀田、义学田、房屋，甚至包括尹家在祁州典买的房地以及蠡县与人合伙经营的当铺全部查清封存。此外，直隶官府还在尹嘉铨老家宅子里面搜出大小四十六箱书籍，全部封存，派专人运送到北京，交由英廉一并查阅。
英廉知道乾隆帝不好敷衍，特意精选了通晓文义又查办过禁书的属下严加细察，还选派数名在职的翰林院“专家”，陪同自己对尹嘉铨家中搜得的藏书挨页细勘，目的在于查出可能存在的任何“悖逆语”。
这些人效率确实高，三月二十二日，尹嘉铨所有的书籍全部归档在查。
臣查尹嘉铨家中各屋，搜查有书大小三百十一套，散书一千五百三十九本，未装订书籍一柜，法帖册页六十五本，破字画五十八卷，书信一包，计一百十三封，书版一千二百块，诚如圣谕，恐此内有狂妄字迹，诗册不可不逐细查阅，臣当将各屋所有一切书籍俱移贮一室之内，使其便于检阅。但书籍甚繁，非一时即能查清，必须逐一细加翻阅，始不致或有疏漏。臣已专派翰林王仲愚、汪如藻，伊等通晓文义人，亦详慎，亦曾查办过书籍之事。臣督同该员等，逐细检查，并令臣衙门主事玉成会同办理。俟查明有狂妄字迹，另行具奏合并声明。谨奏。（军机处档案《军机处奏》）
尹嘉铨不是普通官员，其有深厚的家学渊源，本人又是清代有名的大儒，所以，他家的藏书都是好书、精书。而且他本人又爱写书，仅尹嘉铨自己撰写、编纂的书，就有八十多种，加上由他注解或代作序文的书，总共近百种。
在大学士英廉的亲自检查下，众人详看细验，最后从中发现了一百三十多处“悖逆文字”：
尹嘉铨称他父亲尹会一与张伯行等人为“孔门四子”，称父母死为“薨”。所著《随王草择言》第一卷中，有怨望语：“后世孝友多不见用于世，即用世而立身之大端又难言之”; “今群臣非八人之比，乃使之遍居人人之官而望功业之成不可得也”。同书第二卷内，有怨望语：“固不务讲学之名以贾祸，亦不避讲学之名以免祸”; 《亭山遗言》称，尹嘉铨曾梦到东岳大帝座间，说他为孟子之后身，当继孔子宗传；《尹氏家谱》中记有他父亲居官时，“密奏之事不载”等语；在《名臣言行录》中，尹嘉铨竟然模仿乾隆帝，自称“古稀老人”。而乾隆曾于乾隆四十五年七十岁时作御制诗，已经称自己为“古稀”，并刻了一方“古稀老人”的章。尹嘉铨竟敢如是！
尹嘉铨著作《随王草》内，有“应举入场，直同于庶人之往役”等语，显然是诬蔑朝廷的科举考试。同书中，还有《朋党之说起》中云：“而父师之教衰，君亦安能独尊于上哉？”当时雍正帝曾作《朋党论》，尹嘉铨此言论显然在藐视圣上……
乾隆皇帝小题大做，尽情发挥，多次降旨，饬令朝臣们予以深切重视，对尹嘉铨一定要加以严办。
负责该案审讯的大学士三宝等人更不敢怠慢，马上把本来在老家含饴弄孙的尹嘉铨押解到京，于三月二十八日开堂讯问。
三月十八日，乾隆帝看到尹嘉铨的奏折后大怒。十天过后，致仕在家的前部级官员已经成为钦定要犯了。可见，清朝皇帝的龙威，真是不可小觑。
前前后后，清廷提审尹嘉铨多达十七次，对其著作中或者所注书中一些小事，加以苛责和挑剔。
从尹嘉铨案审讯大臣们和“文字犯”尹嘉铨之间的问答，我们可见一斑：
问：尹嘉铨，你所著《近思录》内，将汤斌、陆陇其、张伯行和你父亲尹会一共称为“四子”，把他们说的话称作“四子遗书”，难道汤斌等四人能与颜回、子思、曾参、孟轲相比吗？你把你父亲和汤斌等人比附如此之高，岂不狂妄么？
供：我因平日听说汤斌等人品行好，又都著有讲学的书，所以就采集了一些，编辑成《近思录》，并将我父亲的著作附入，称为“四子遗书”。其实，他们四人哪里赶得上颜回、子思、曾参、孟子呢？总是我狂妄糊涂，无可置辩。
问：你所撰《尹氏家谱》内，有“宗庙”“宗器”“建庙”“入庙”等字样，这些字，难道是臣子能用的吗？另外，在你母亲行状一节内，称母死为“薨”，此等字样，寻常人又岂可通用，你难道不晓得吗？
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