见袁崇焕营盘坚固，无隙可乘，一直熟读《三国演义》的皇太极便欲施用“反间计”来除去袁崇焕。当时恰好营中有两个先前在城郊牧马厂被俘的明朝太监杨春、王德成在押，他遂命令汉人降将高鸿中与鲍承先两人趁黑坐在这两个明朝太监的营帐外，假装酒醉，放言说城内袁巡抚（袁崇焕）与大金有密议，准备里应外合。夜间，哨兵故意放两个太监逃脱。
这两人一回城，像兔子一样跳到崇祯帝面前，把这件“天大的秘密”讲与皇帝听。刚愎自用的崇祯帝竟然中了皇太极这种最简单的诡计，很快就派人逮捕了袁崇焕，打入诏狱，严刑拷问。
袁崇焕的部将祖大寿为此惊惶至极，出城后即拥兵向辽西奔逃。幸亏袁崇焕在狱中写信召唤祖大寿，他当时才没有叛变。
由于山海关、宁锦一线仍在明朝掌握中，加之后来的孙承宗御敌有方，皇太极只得率兵退走。北京有惊无险。
后金退兵后，明廷开始审查袁崇焕一案。
当时，大学士钱龙锡持正，得罪了不少暗藏的阉党成员。阉党王永光时为吏部尚书，引其同党御史高捷等人猛烈攻击袁崇焕，诬称他暗中与后金议和，擅杀毛文龙，引清兵入关。这些阉党本意是想以袁崇焕兴起一件新的大“逆案”，顺便攀引钱龙锡，于是，他们大造舆论，讲袁崇焕杀毛文龙是由钱龙锡主使。
最终，袁崇焕被判凌迟，其兄弟妻子长流三千里，抄其家产归公。崇祯三年（1630年）八月十六日，刚过中秋，袁崇焕被剐于北京闹市。
袁崇焕被杀，乃是天大的冤案，但不少无知的北京市民却信以为真，恨极了这个引狼入室的袁巡抚，纷纷上前高声责骂，甚至生食这位耿耿精忠烈士的身上之肉。
千刀万剐，明朝就是这样对待袁崇焕这样一个大忠臣的。
被杀前，袁崇焕作《临刑口占》，依旧对大明朝忠心耿耿：
一生事业总成空，半世功名在梦中。死后不愁无勇将，忠魂仍旧守辽东。
大英雄被剐之时，紧咬牙关，欲哭无泪，只能仰望苍天，让冤屈激荡于胸中！
可笑又可悲的是，崇祯帝至死不悟自己中了皇太极的反间计，甚至连入清后生活了三十多年的明末大才子张岱（写《陶庵梦忆》的那位），也在书中把袁崇焕列为明朝逆臣。最终为袁崇焕“平反”的，竟然是“鞑子”皇帝乾隆。这真是个历史的黑色幽默！如果罗贯中地下有知，知道自己的《三国演义》多年后被后金的首领皇太极当作“兵书”来用，学习“蒋干盗书”的计谋，让崇祯杀掉了大明顶梁柱袁崇焕，罗老先生肯定会愤怒高呼不已。
遍地烽烟——以油浇火的“平贼”
崇祯帝继位以来用人不当，这自然是他不可推卸的主观责任，但罕见的自然灾害也是明朝灭亡的重要客观原因。坏运气是每个王朝灭亡的不可忽视的重要因素之一。
首先，朱由检继位的第二年，即1629年，陕北突遭大旱。十余年间，陕西、山西、河南、河北、江苏、山东，无年不旱。倒霉的是，大旱后，蝗灾与瘟疫接踵而至，赤地千里，十河九干。由于乏食，最终出现了“人吃人”的惨剧。天灾加上人祸，小民无生路可寻，此外，官员贪污，横征暴敛，百姓只能走一条路：造反！
同时，明朝发展到晚期，土地高度集中，宗室、勋戚、官绅地主对土地的兼并愈演愈烈，贫者益贫，富者益富，社会的两极分化达至惊人地步。自嘉靖帝（世宗）开始，“竭天下之财以奉一人”，万历帝（神宗）变本加厉，天启帝（熹宗）有样学样，明朝财政面临崩溃的境地，只得通过不断加派赋税来榨取民财。各级官吏巧取豪夺，竭泽而渔。由于农民纷纷抛荒逃散，造成水利失修，河患日甚，恶性循环下，天灾人祸不绝。军制方面，更是法久弊生，军屯、商屯均有名无实，士兵被拖欠军饷，已经没有什么战斗力。诸大将除身边亲兵可用外，基本上没有能信得过的兵校。军纪败坏、索饷哗变，几乎成为明末军队中的“主旋律”。
早期暴动的参加者，无非是一群想找口饭吃的乌合之众，无组织、无纪律，无任何明确目标，看似成千上万，实际上是一大帮拖家带口的饥民、流民，明朝正规官军如果认真应对，这些人马上就会作鸟兽散。而且，领导暴动叛乱的人中，不少是当地土豪世家子弟或者是明朝边军的中下级军官，为避免事发后暴露身份连累亲族，他们纷纷自起诨名、绰号。农民战争发展到中晚期，声势渐炽，首领们纷纷以本来姓名示人，绰号使用得越来越少。
明末农民暴动，最早当推崇祯元年延安的府谷人王喜胤（澄城县的造反规模太小，忽略不计），因当地大饥荒，他率杨六、“不沾泥”等人四处掠抢富民家里的粮食，“相聚成盗”。与白水县王二会合后，这伙人已有五六千人的规模，他们攻破宜君县城，大肆抢劫一番，窜入延安一带的黄龙山。后来的“大西王”张献忠，就加入了王嘉胤的队伍。
张献忠有待考证是延安卫人，年轻时可能在延安府当过捕役，也可能当过边兵，在榆林卫的洪承畴手下卖过力（他1645年在成都当“皇帝”后这样自吹自擂过，有待考证），但可以肯定的是，此人绝非一般因饥而反的平民，应该是在衙门或军门里当过差，有不少入世经验的“老油子”。由于在与官军作战中勇敢冲杀，他很快有了一支自己的武装，自号“西营八大王”。
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