其次，在政治方面，秦始皇所谓“废先王之道、废五等之制”，成为他执政的最大污点。从儒学角度观察，似乎秦始皇彻底废除分封制，就是从根本上违背上古以来遵行久之的“王道”和“王制”，也是秦帝国迅速灭亡的最主要原因。如此说来，似乎秦始皇不搞分封、不复立六国后裔、违背殷周以来的“封建”传统，就不是以仁德治理天下，就是独夫暴政。
那么，儒者们推崇的“先王之道”到底是什么东西呢？原来，正是昔日西周时代落后的政治经济制度和意识形态。这种思想，现在分析起来，极其迂腐。从春秋战国开始，社会生产力的发展就决定了西周那种“先王之道”的崩溃。而秦帝国从中央集权的角度出发，废封建而立郡县，反而从政治体制上对当时产生了革命性的积极作用，这恰恰是他的历史功绩之一。
由此可见，分封制绝对不利于维护大一统的政治格局。无论是秦始皇还是李斯，都不会走历史回头路，使得大秦帝国辛辛苦苦建立起来的大一统国家，又重新回复到“诸侯更相诛伐”的崩裂状态。
秦汉之后的历史经验也明白无误地证明，郡县制的施行，对于中央集权的发展和国家统一的维护，功莫大焉。为此，不仅唐代文豪柳宗元在《封建论》中盛赞秦朝郡县制，清初大思想家王夫之也在其巨著《读通鉴论》中评论道：
郡县之制，垂两千年而弗能改矣，合古今上下皆安之，势之所趋，岂非理而能然哉！
第三，经济方面，始皇帝嬴政所颁行的“除井田之制”，一度成为他赋敛无度、穷奢极欲的强力手段之一，被后世大加鞭挞。儒者们认为，井田制温情脉脉，乃上古三代圣王所确立的基本制度。秦国自商鞅以来，废井田，开阡陌，在富国强兵的同时，引发了土地兼并，造成了贫富不均、风俗奢靡等一系列社会问题，进而量变到质变，上升为秦始皇时代赋敛无度和法繁政苛等重大政治问题。
实际上，“除井田之制”并不是秦国专利。早在春秋时期，鲁国就曾经施行过“初税亩”。秦始皇三十一年，“使黔首自实田”政令得以实施，标志着以井田制为主的传统奴隶制生产关系彻底消亡，其根本目的，也是要通过重农措施增加国家和个人财富。
从历史经验看，秦国当时的这些措施极大提高了农民生产的积极性，相比过去井田制，有着显而易见的优越性，促进了生产力的巨大发展。因此，“除井田之制”，乃顺应社会历史发展潮流之举，也是秦始皇对中国经济发展的一大贡献。
而秦代田租赋敛，实际上也只是继承六国旧制，没有特别加重。在历史发展过程中，秦国正是依靠这种制度勃然而兴，靠这种制度统一全国。所以，说“除井田之制”是秦国亡国一大理由，完全站不住脚。
秦始皇时代整个经济政策的目的，显然最主要的不在于秦始皇个人的“穷奢极欲”。嬴政北修长城、南建灵渠，在都城咸阳营造阿房宫、骊山陵，确实工程营建不息。但所有这些营建，还真不能笼统指斥为始皇帝出于个人目的的好大喜功。特别是长城、灵渠以及驰道等国家建设工程，都是出于巩固国家统治的需要，对于后世王朝和民众来说，利大于弊，有的更成为万世之利。
长城修好以后，秦朝在抵御匈奴方面大量节省了开支，国防效益和社会效益相当可观。而且，我们进一步联系到秦朝对匈奴的战争，其战争性质，于秦朝方面来讲是正义的。当华夏文明面对随时而来的草原文明冲击，不能不战，而且势必一战。既然能“以战止战”，既然一战有时候能收一劳永逸之效，既然有利于整个国家经济的发展，那么，秦朝人民对匈奴战争方面的负担，应该也属于“合理”的范围之内。
虽然蒙恬率三十万秦朝大军坚守北境十多年，战争负担沉重，但这个负担是必须的。否则，华夏文明根本得不到任何保障。秦亡之后，到汉朝初年，对于外来威胁，新朝廷每次对匈奴用兵，大体上也要保持几十万兵力。到汉武帝时代，军费开支巨大，比起秦始皇时代来说就多得多了。
即使一直为后人所诟病的秦始皇暴虐“符号”阿房宫，也不能简单地全盘否定。如果我们认为那些煌煌建筑延亘绵绵，仅是秦始皇纯为自己骄奢淫逸所修造，则未免有失偏颇。
帝国大修宫室，有时候还真不仅仅是为了帝王个人享受，肯定有“威重天下”的考虑。所谓“王者居宸极之至尊”，为了让属国和治下臣民畏威怀德，就需要营建豪华宫殿来展示皇权尊严和君临天下的成就感。这种弘大规模的营建，也是帝国时代大一统的政治需要。
汉臣一直对秦始皇大修宫殿展开大批判，其实汉朝在立国之初，汉高祖和萧何等人也大肆营建。根据《史记·高祖本纪》记载，汉高帝八年，萧何主持未央宫营建，差遣无数工匠，修造了东阙、北阙、前殿、武库以及太仓等殿宇，宫阙壮丽，豪华无限。见此，刘邦起先还假装愤怒，表示说国家初建，就如此营造，肯定要劳民伤财。萧何回答说：“天子四海为家，非壮丽无以重威！”经此解释，刘邦大悦。
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