于是，回到丞相府和秘书班子仔细研究后，李斯决定对淳于越们展开迎头痛击。他马上上书嬴政，把分封制批驳成乱国乱军的大恶，并且牵引扩散，笔锋一转，进而认定要在更高层次上统一思想，反对一切存在的或者潜在的能够对大秦帝国造成意识形态混乱的书籍和思想。
李斯疏中强烈建议，始皇帝应该下诏全国，除了医药、卜筮和农业专业书籍以外，应该把从前那些《诗》《书》以及流行多年的百家学派的书籍，全部视为异端邪说，委派各地地方官搜集烧毁。即使敢于私下讨论这些著作的人，也要处以“弃市”刑罚，而敢于公开是古非今的，更要夷其三族！
如此有理论有实际处理方式的奏疏，出于一个丞相之手，不可谓不狠，不可谓不毒。
而始皇帝本人呢，原本对于淳于越和儒生，包括诸子百家和先秦的典籍，都没有明显的恶感。他太爷爷秦昭王“亲切”会见过大儒荀子；而其父庄襄王的左膀右臂，也是自己青少年时期的良师益友吕不韦，也曾是大杂家，亦商亦文。而且，朝堂所豢养的这帮儒生，在自己平灭六国的过程中，都没少歌功颂德拍马屁。
但是，作为刚刚大一统天下的始皇帝，他的政治嗅觉还是很敏锐的。所以，没有再做任何深入的思考，他马上同意了丞相李斯的奏疏。他拿起笔，很简单写了一个字：“可！”
这个“可”字，也是秦始皇“朕心颇慰”四个大字的“缩写”。这一个字，就定下了日后秦朝无法为后人原谅的焚书决定。
所有的涟漪，都会源于最早的一粒石子。
周青臣不拍马屁，淳于越就不会煞风景；淳于越不煞风景，李斯就不会动杀心；李斯不动杀心，嬴政也不会下焚书的诏令——表面上，全国范围内大肆焚书，似乎统一了思想，即贯彻商鞅派法家原教旨主义。
但恰恰是如此激烈的举动，也使得法家成为当时和后世所有知识分子的公敌。更糟糕的是，秦始皇高兴了，而秦国的储君、作为儒家子弟的扶苏非常不高兴。由此，李斯刚刚愉悦的内心马上涂抹上了一层重重的黑色，他知道，一俟日后扶苏登基为帝，等待自己的肯定是政治清算。正是与公子扶苏的这种“过节”，日后始皇帝崩于沙丘，左思右想，李斯才走出了人生中最大的错招儿，和宦者赵高走到了一起。其结果，不仅自己被虐杀、夷三族，秦帝国最终也灰飞烟灭……
如果从文学角度阅读李斯奏疏，文采飞扬，思维缜密，大有博学鸿文的气势。其思想内核，其实还是取自商鞅以及被他害死的老同学韩非。韩非曾经明确指出：“故明主之国，无书简之文，以法为教；无先王之语，以吏为师。”（《韩非子·五蠹》）
自商鞅变法以来，其实秦国以法家专制集权来钳制思想的政策行之有效，一统天下之后始皇帝继续文化专制政策，也在意料之中。但有一个历史吊诡之处在于，竭力奉劝秦始皇施行文化专制主义的大推手韩非和李斯，他们的老师竟然都是大儒荀子。而荀子的理想，乃是在一个其乐融融的大同世界之中隆礼乐、倡诗书。
始皇帝焚书，令行禁止，雷厉风行，最可惜的是当时被灭六国的国史，基本被烧毁殆尽，所以司马迁写《史记》的时候，大挠头皮。而秦国自己保存完好的《秦记》，又无详细日月记载，更让太史公犯愁。
不细读史书的人，都以为秦始皇当把《诗》《书》以及百家之书都烧光了，其实不是，作为当时的“供批判用”原始材料，李斯在疏奏里面建议，允许朝廷保留了一些原本。可惜，后来项羽怒火冲天，大烧咸阳宫殿，秦廷博士们掌管的那些“国家图书”，都在熊熊烈焰中化为灰烬。其中，也包括秦朝下令特别保护的许多有关医药、卜筮以及实用的科技类图书。而这些书籍的内容，我们后人只有在墓葬挖掘过程中侥幸挖出一些保存完好的。一竹一简，奉为拱璧。
“焚书”，确实是秦始皇一生中最大错棋之一，难怪唐朝书生章碣就大吟一诗：
竹帛烟销帝业虚。关河空锁祖龙居。坑灰未冷山东乱。刘项原来不读书。（《焚书坑》）
历史，总是存有无数的黑色幽默！
岂容清史尽成灰！焚书，始皇帝和李斯确实干了，而且遗毒深远；但坑儒一事，确实还值得我们后人大加商榷。
发生在始皇三十五年的“坑儒”之事，司马迁《史记》中这样记载：
侯生、卢生相与谋曰：“始皇为人，天性刚戾自用，起诸侯，并天下，意得欲从，以为自古莫及己。专任狱吏，狱吏得亲幸。博士虽七十人，特备员弗用。丞相诸大臣皆受成事，倚辨于上。上乐以刑杀为威，天下畏罪持禄，莫敢尽忠。上不闻过而日骄，下慑伏谩欺以取容。秦法不得兼方，不验辄死。然候星气者至三百人，皆良士，畏忌讳谀，不敢端言其过。天下之事无小大皆决于上。上至以衡石量书，日夜有呈，不中呈不得休息。贪于权势至如此，未可为求仙药！”
于是，乃亡去。
始皇闻亡，乃大怒曰：“吾前收天下书不中用者尽去之。悉召文学方术士甚众，欲以兴太平，方士欲练以求奇药。今闻韩众去不报，徐市等费以巨万计，终不得药，徒奸利相告日闻。卢生等吾尊赐之甚厚，今乃诽谤我，以重吾不德也。诸生在咸阳者，吾使人廉问，或为妖言以乱黔首。”
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