《云雾中的古堡》（短篇小说集），中国新时期优秀少儿文艺读物奖一等奖，1989年5月
《阿雏》（小说），北京市文学作品征集评奖优秀作品奖，1990年2月
《田螺》（小说），海峡两岸少年小说征文优等奖，1992年12月
《山羊不吃天堂草》（长篇小说），第三届宋庆龄儿童文学奖金奖，1992年12月
《山羊不吃天堂草》（长篇小说），中国作家协会全国儿童文学作品集评奖一等奖，1993年2月
《蓝花》（小说），冰心儿童文学新作奖，1993年11月
《红葫芦》（短篇小说集），《中国时报》1994年度十大童书奖，1995年2月
《红葫芦》（短篇小说集），中国台湾《民生报》《国语日报》《儿童日报》《幼狮少年》等联合主办“好书大家读”年度短篇小说类创作最佳奖，1995年2月
《山羊不吃天堂草》（长篇小说），中国台湾《民生报》《国语日报》《儿童日报》《幼狮少年》等联合主办“好书大家读”年度长篇小说类创作最佳奖，1995年2月
《三角地》（中短篇小说集），中国台湾《民生报》《国语日报》《幼狮少年》等联合主办“好书大家读”年度最佳少年儿童读物奖，1998年2月
《草房子》（长篇小说），中国台湾《民生报》《国语日报》《幼狮少年》等联合主办“好书大家读”年度最佳少年儿童读物奖，1998年2月
《草房子》（长篇小说），第九届冰心文学奖大奖，1998年8月
《草房子》（电影），第八届中国电影童牛奖优秀编剧奖，1999年6月
《草房子》（长篇小说），第四届国家图书奖，1999年10月
《红瓦》（长篇小说），第四届国家图书奖二等奖，1999年10月
《草房子》（电影），第十九届中国电影金鸡奖最佳编剧奖，1999年10月
《草房子》（电影），第十四届德黑兰国际电影节评审团特别大奖“金蝴蝶”奖，2000年
《草房子》（电影），意大利第十三届Giffoni电影节铜狮奖，2000年
《红瓦》（长篇小说），北京市文学艺术奖，2000年
《草房子》（长篇小说），第四届全国优秀儿童文学奖，2000年5月
《草房子》（长篇小说），第五届宋庆龄儿童文学奖小说类金奖，2000年5月
《红瓦房》（长篇小说），中国台湾台北市立图书馆、《民生报》、《国语日报》、《幼狮少年》等联合主办“好书大家读”年度最佳少年儿童读物奖，2001年3月
《红瓦》（长篇小说，韩文版1、2），韩国《中央日报》等评选2001年度“十本好书”，2001年
《二十世纪末中国文学现象研究》（专著），北京大学第八届人文社会科学优秀成果奖一等奖，2002年4月
《根鸟》（长篇小说），第六届宋庆龄儿童文学奖佳作奖，2003年10月
国际儿童读物联盟中国分会（CBBY）中国安徒生奖，2004年2月
国际儿童读物联盟（IBBY）国际安徒生奖提名奖，2004年5月
《细米》（长篇小说），中国作家协会第六届全国儿童文学奖，2004年10月
《细米》（长篇小说），北京市庆祝新中国成立55周年文艺作品征集评奖活动中获荣誉奖，2004年12月
《青铜葵花》（长篇小说），《中国时报》2005年十大好书，2005年12月
《青铜葵花》（长篇小说），中国台湾《民生报》《国语日报》《儿童日报》《幼狮少年》等联合主办“好书大家读”年度长篇小说类创作最佳奖，2006年3月
《青铜葵花》，江苏省精品图书奖，2007年
《草房子》，凤凰传媒集团2006年度畅销书奖，2007年
《稻香渡》（长篇小说），中国台湾台北市立图书馆、《国语日报》、《联合报》、《幼狮少年》等联合主办“好书大家读”年度最佳少年儿童读物奖，2007年4月
《青铜葵花》，第十届中宣部精神文明建设“五个一工程”奖优秀作品奖，2007年9月
《青铜葵花》，中国出版政府奖，2007年10月
《青铜葵花》（长篇小说），中国作家协会第七届优秀儿童文学奖，2007年12月
《黄琉璃》（长篇小说），第二届中华优秀出版物（图书）奖，2008年12月
《我的儿子皮卡》（长篇小说），第三届中华优秀出版物（图书）奖，2010年10月
《黄琉璃》（长篇小说），中国作家协会第八届优秀儿童文学奖，2010年12月
《曹文轩纯美绘本?痴鸡》，第十届（2010年度）输出版优秀图书奖，2011年9月
《丁丁当当?盲羊》（长篇小说），中国作家协会第九届全国优秀儿童文学奖，2013年9月
“丁丁当当”系列（长篇小说），中央电视台科教频道和中国图书评论学会“2013中国好书”，2014年4月
《根鸟》（长篇小说）、《杯子的故事：失踪的婷婷》（绘本），第十三届（2014年度）输出版优秀图书奖，2014年9月
“丁丁当当”系列（长篇小说），博洛尼亚国际童书展以残障儿童为主角的全球最优秀儿童图书奖，2015年4月
《青铜葵花》（长篇小说）、《羽毛》（绘本），第十四届（2015年度）输出版优秀图书奖，2015年12月
国际儿童读物联盟（IBBY）国际安徒生奖，2016年4月
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