它们发挥作用的先后次序简略描述如下：杏仁核给下丘脑发出信号，下丘脑负责许多新陈代谢过程并涉及自主神经系统，它又给脑垂体发出信号，脑垂体又给肾上腺发出信号，释放肾上腺素和皮质醇。这个链条被称作下丘脑—垂体—肾上腺轴。
从神经化学的角度讲，杏仁核内的去甲肾上腺素与促肾上腺皮质激素释放因子一起被传递至下丘脑，下丘脑给脑垂体发出信号，然后脑垂体通过血液给肾上腺发送一个慢速信息，告诉其分泌皮质醇以应对紧张的情绪，皮质醇是一种比肾上腺素更能让你保持长久兴奋的应激激素。在短时间内，皮质醇增强了多巴胺的功效，多巴胺可使你保持警觉和活跃。然而，若皮质醇活跃的时间太久，它就会对大脑和身体产生负面影响。如果皮质醇分泌过多且持续时间很长，多巴胺就会耗尽，你就会感到很难受。
然而在短时间内，皮质醇的确很有用。如果你产生应激反应，或者在经历了一次快速逃生或战斗之后存在延续反应，你的身体就需要制造燃料（葡萄糖）。肾上腺素立即促进糖原和脂肪酸的分解，但如果应激反应持续时间较长，皮质醇就会取而代之。它是通过血液传递作用的，所以它的效果比肾上腺素要慢一些。
与肾上腺素相比，皮质醇的工作更有系统性。它会促使肝脏在血液中制造更多可用的葡萄糖，同时阻止非必要器官和组织产生胰岛素受体，那样你就可以得到克服恐惧需要的所有葡萄糖。皮质醇可以长期控制胰岛素抵抗的过程，胰岛素抵抗可为大脑供应一定浓度的葡萄糖。然而，你不会一直拥有大量的葡萄糖，所以皮质醇要为储存能量而工作。它将蛋白质转化成糖原，并且储存脂肪。如果应激反应是长期的，增加的身体脂肪就会积存在腹部。如果你的上腹部逐渐突起，这可能是由于皮质醇正在努力地储存能量。很不幸，脂肪的这种储存方式不是你想要的，最好通过运动消耗掉这种能量。
由于长期的应激反应和高浓度的皮质醇，大脑的几个部分受到了冲击，特别是海马体。海马体中有许多皮质醇受体，通常情况下，这会减少皮质醇的产生。在这一点上，它非常像一个自动调温器。然而，如果皮质醇过多或者持续时间过长，海马体受体自身就会关闭，紧接着会萎缩，你的记忆力也会随之减退。
不幸的是，杏仁核中发生了相反的过程，它将变得非常敏感，而不是持续萎缩。由于皮质醇的增加，杏仁核实际上变得更加敏感。从进化论的观点来看，这是有意义的。因为如果我们的祖先受到了威胁，比如遇到危险的食肉动物，那么他们需要非常警觉，并且不再考虑其他事情。
因为杏仁核变得非常敏感，所以长期的应激反应会让你变得更加神经质、更加焦虑。正因为如此，一个经历过战争、患有创伤后应激障碍的老兵在听到烟花爆竹的巨响后会趴到地上，并护住头部。他还来不及思考这件事情时，爆竹声已使他想起了简易爆炸装置的爆炸声和枪击声，于是他的杏仁核引发了“战或逃的反应”，但这是一个假警报。
如果你经历过严重的创伤或长时间的应激反应，海马体和杏仁核的关系就开始从之前的和谐状态变得更偏向于杏仁核。这是因为当杏仁核活跃起来的时候，海马体会受到多余的皮质醇和谷氨酸的攻击。皮质醇和谷氨酸采取行动，使杏仁核兴奋起来，而且杏仁核越兴奋，它就越容易被激发。
由于海马体为你的记忆提供了情境，你所具备的全面公正地看待应激性事件的能力就受到了影响。与此相反，杏仁核是一个多面手。当它兴奋起来的时候，它不会在乎情境，任何分贝很大的噪声都会引起“战或逃反应”。
就像皮质醇长期过量的存在对海马体具有破坏作用一样，兴奋性神经递质谷氨酸的过剩也会起到同样的作用。最初，皮质醇通过在海马体中增加谷氨酸的传递来激励长时程增强的产生，这就具有了进化意义，因为当我们的祖先对某件事情感到有压力时，比如靠近狮子巢穴等特别危险的区域，他们一定会记住它。然而，在现代社会中，这种趋势将我们禁锢到一种僵化或者稳固的状态之中。你不可能忘记让你感到有压力的事情，并且谷氨酸的增加会强化你的记忆。
乐极生悲。正如过多的皮质醇有破坏作用一样，过多的谷氨酸会损害海马体，因为钙离子为抢夺电子会进入细胞，从而产生自由基。如果你的神经系统中缺乏足够的抗氧化物，自由基就会乱窜，在细胞壁上穿出孔洞，使细胞破裂，并且可能会杀死它们。伸向另一个神经元的突起叫作树突，它可能会接收收集到的信息。这时树突会开始萎缩，退回到细胞体内，思想和情绪就会变得更僵化和简单。因此，你的决定可能带来破坏性影响而不是建设性影响。
幸运的是，在假警报造成破坏之前我们还是有办法关闭它们的。纽约大学的约瑟夫·勒杜克斯进行的开创性研究倡导了一种方法，这种方法可以达到上述目的。勒杜克斯已经证明杏仁核的中央核区域参与了害怕和焦虑引发的滚雪球效应。中央核连接着无威胁刺激和可能的威胁刺激，这就是你能将一座桥与死亡联系起来，或者将一个陌生人与不友善联系起来的原因。
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