苏东坡又单枪匹马，只身独自向朝廷之腐败无能进军。他想从根本上改革国家的吏治。朝廷官吏皆来自科举，但是科举制度业已废弛。他有四五次身为主考官，都特别留心为国家选拔真才，有时把别的考官所弃而不取的考卷又找回重阅录取。有一次，考生在御林军例行监视之下进行考试，御林军的傲慢粗野，真使他吃惊。军士对考生呼喊，如对一群新兵。有几个考生被发现挟带作弊而被驱出大殿，警卫军士大声喊叫，声势逼人。当时混乱不堪，军士之恢复秩序，犹如平定暴乱。军士的蛮横无礼，是对士子斯文的侮辱。苏东坡立刻连上二表，将两个军士斥退。
当时最使朝廷感到困扰的，其实在中国历史上历代皆然，就是冗吏充斥。读书人太多，而朝廷可给的官位太少。这是中国多年的积弊，人竟认为一个优秀的读书人必然要“学而优则仕”。这个想法如果现在还不改，全国教育普及则国家将亡。我们有多少官位供给四万万五千万人呢？倘若考试制度认真执行，而选人唯才，则合格的考生必然为数有限，而选取的人才的素质也会提高。但是在苏东坡时代，引用亲族之风已经盛行。有好多外省来京的考生，由朋友亲戚的推荐，不用在京参加考试，便可以获得官职。每次考试若选三四百人，总有八九百人不经过考试的。礼部就可以推荐免试生二三百人，其他还有由兵部和皇家关系推荐的。在春季祭天大典之时，很多读书人由皇上特恩免考，苏东坡说：“一官之阙，率四五人守之。争夺纷纭，廉耻丧尽。中才小官，阙远食贫，到官之后，求取鱼利！靡所不为，而民病矣。”他又说：“臣等伏见恩榜得官之人，布在州县，例皆垂老，别无进望，惟务黩货以为归计。贪冒不职，十人而九。朝廷所放恩榜，几千人矣，何曾见一人能自奋励，有闻于时。而残民败官者，不可胜数。所至州县，举罹其害。乃即位之初，有此过举，谓之恩泽，非臣所识也。”苏东坡提议废除此等免试办法，严格限制高官巨卿之子女亲戚，以及皇家所推荐之人。苏东坡认为自己有责任把官吏之怠惰低能蒙混朝廷的情形，奏知太后。为这种情形，他向太后密奏多次。在几件大事的表章后，他又附有再启，请太后阅后自己保存，勿转交于中书省。
比如说，西北番族入寇，几乎有中国农民一万人惨遭屠杀，当地驻军官长企图隐瞒朝廷。甚至消息传至京师之时，朝廷派一专使前往当地调查。此一专使，本着中国由来已久的“官官相护”的积习，向朝廷报告只有十个农民被杀。而特使更把灾情大事化小，先为当地驻军首长请求赦罪，然后再缓缓进行调查。两年之后，竟而毫无动静。被杀的村民，朝廷应予抚恤，结果也一无所得。在苏东坡上皇太后表中，他指出如此忽视民情，势难收揽民心。
“官官相护”之恶习必终致“官民对立”。另外，还有广东守将童政的案件。童政剿平盗匪无功，竟尔在收复的城市里屠杀数千百姓。但是别的同僚对朝廷的报告中竟说他保卫城池有功，把他说成平贼的英雄。还有温杲杀害百姓十九人，仅仅记一小过，便算了事。另外有一个小军官，打算报称杀贼立功，竟闯入民家，在青天白日之下杀害妇女五六人，带着砍下的人头回去，说是斩杀贼匪的人头。这件事实在惨无人道，遮掩不了。在朝廷派人调查时，那个军官辩称，在交战之时，他不能看清是男是女，因而误杀。这些都是当时的虐政。苏东坡对这些事，实在不能默尔而息。
最重要的案子，惹得众怨沸腾的，就是周穜一案。对这件案子，苏东坡实在无法克制自己了。王安石的余党暂时失势，现在都在偏远的外地为官，竟想卷土重来。那些魁首如吕惠卿、李定、蔡确等人已遭罢黜，但是他们的好多朋友还都在京为官。为了试探朝廷对他们的态度，他们找了一个默默无名的书院教师周穜试上一表，表中提请将王安石的灵牌安置在太庙中神宗皇帝的神牌之下，好能共享祭祀。如果太后准其所请，那些阴谋小人就可以将其看做是个分明的信号，他们又可以出来公开活动了。苏东坡看出他们如此试探的企图，立即对这些唯功名利禄是图的投机分子大施挞伐。他举出他们十六个人的名字，责骂他们是“虮虱”“蝇蛆”“佞奸小人”“国之巨蠹”。这一次他对王安石不再婉转其词，而几乎公然以诈伪骗子称之。他向皇太后说，如果富弼、韩琦、司马光有一人尚在，这些鼠辈决不敢露面。他说，如果对这些阴谋小人不予以当头棒喝，则“惠卿、蔡确之流何忧不用！青苗市易等法何愁不复哉！”据他自己观察，他深信此种情形必会出现。实际上，他已萌去朝之志，他说君子如麟凤，难求而不易留养；小人则“易进如蛆蝇，腥膻所在，瞬息千万”。其理至明，人若不愿与蝇蛆为伍，只有远避。
在两年之中，苏东坡以其强烈的名士本色、坦直无畏的言论，得罪了很多人，其中包括朔党、洛党的人物。当然他也成了王安石余党的眼中钉、肉中刺！苏东坡不去，此等人不能再起。
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