接到皇帝命令的班超只好奉命返回，但是西域各国的军民都不愿意让他走。疏勒国的都尉黎弇说，汉使如果离开我们，疏勒必定会再次被龟兹灭亡。我实在不忍心看到汉使离去。说罢，拔刀自刎而死。
班超的部队走到于阗，于阗国王和百姓都放声大哭。他们说，我们依靠汉使，就好比孩子依靠父母一样，你们千万不能回去。于阗国的百姓抱着他的马腿苦苦哀求，班超自己更不舍得走，因为一旦走了，之前所有的努力都打了水漂，西域也将彻底脱离大汉的掌控，所以他毅然决然决定违抗圣旨，继续留下来完成经营西域的任务，他在西域军民的欢呼声中掉转马头，重返疏勒国。这一年，班超四十五岁。
班超刚离开疏勒的时候，疏勒国就有两座城立即归降了龟兹，并且与尉头国（今新疆阿合奇）联合起来，企图搞一票大的。可他们没想到班超竟然去而复返。班超将反叛首领逮捕，又击破尉头国，斩杀了六百多人，才重新稳定住疏勒国这个经营西域的重要据点。
两年后，也就是公元78年，班超率领疏勒等国的士兵一万多人攻破姑墨国，斩杀了七百人，将龟兹孤立，大大改善了西域的力量格局。
但西域距离中原毕竟太远，汉章帝刚上台，肯定是顾不上这块的。所以在公元80年，班超上书章帝，分析西域各国形势及自己的处境，提出了“以夷制夷”的外交理论和策略，就是不靠本土的援助，用西域的同盟军搞定那些不服管的国家。最终班超也确实通过这种方式一步步扭转了西域的局面，使越来越多的国家成为大汉的盟友。
就在班超埋头西域苦心经营之时，西域之外的力量找上门来了。公元87年，大月氏人建立的贵霜帝国月氏王提出要娶大汉的公主，还送上了珍宝和狮子作为礼物。但消息到了班超这儿就给卡了下来，他直接没上报，把贵霜的使者送回去了。
这时的贵霜帝国其实已经是雄踞中亚的大国，在欧亚大陆上和大汉、罗马帝国以及安息帝国并称为“四大帝国”。但班超并不了解这一点，估计班超心里想，你们大月氏人当年被匈奴人打得（外尸里从）出花了，还有脸皮想娶我们大汉的公主？想得美！
结果贵霜帝国一生气就派副王谢率兵七万大军，东越葱岭（今帕米尔高原和昆仑山脉西段）进攻西域。这七万人放到中原可能不算什么，但在西域地区绝对是毁天灭地的恐怖力量了。面对贵霜军队，西域各国都很惊恐，班超却很淡定。他说，敌人翻山越岭远道而来，后勤保障一定跟不上，我们只需要坚壁清野，都不用打，饿几天就把他们饿死了。
于是班超指挥各国的军队把粮食都藏好，也不和贵霜军正面对抗，就拖着他们。结果贵霜军队打又打不下来，后勤补给又跟不上，饿了几十天只好投降，班超也就把他们给放了。
经此一战，贵霜帝国再也不敢到东边来找麻烦，转而南下西进，把北印度和中亚地区的小国打了个遍，却始终和大汉保持着友好的关系。班超的这一战确立了后世历代王朝对葱岭以东，也就是今天帕米尔高原以东广大领土的统治。这一年，班超五十九岁。
公元91年，龟兹、姑墨、温宿等国都投降。朝廷任命班超为西域都护。
公元94年，班超率领西域各国联军，打服了最后几个死不投降的国家，彻底平定了整个西域。这一年，班超六十三岁。
算下来，班超一生降服了西域大大小小50多个国家。当年班超的老爸班彪在给光武帝刘秀的奏折中说过一句非常霸气的话，叫“汉秉威信，总率万国，日月所照，皆为臣妾”。意思就是，大汉拥有的威信，天生就要率领万国，凡是太阳和月亮能照耀到的地方，都将臣服于大汉的旗帜之下！
班超虽然没有继承老爹的史学事业，但他用自己的实际行动实现了父亲当年的理想。所以在公元95年，大汉为了表彰班超的功勋，下诏封他为定远侯，食邑千户，后人称其为“班定远”。这一年，班超六十四岁。
公元97年，班超听说遥远的西方有一个叫大秦的国家，既文明又强大，就派自己的副手甘英出使大秦。结果甘英走到了西海，问当地人渡过这个海需要多久，当地人为了继续独占丝绸之路的关键位置，骗甘英说过这个海得好几年，甘英一听只好原路返回了。其实这个西海就是今天的波斯湾，这个大秦就是历史上的罗马帝国。大汉和罗马最有可能实现的一次交流，却因为一点偶然，遗憾地失之交臂。
公元100年，班超已经六十九岁了，他为大汉在西域的经营奉献了半生，虽然西域离不开他，他也舍不得这片神奇的土地，但他实在太老了，老到害怕自己不能活着回家。所以班超上书皇帝请求回家，他在奏折里说，臣不敢望到酒泉郡，但愿生入玉门关。玉门关，是古时通往西域的必经之道，更是分割西域和内地的标志。朝廷感念班超多年的贡献，终于允许班超回朝。
公元102年，班超经过两年的跋涉，终于回到了洛阳的家。一个月后，曾经威震西域开拓万里疆土的定远侯班超去世，享年七十一岁。
班超的功绩，丝毫不逊色于凿空西域的张骞和虽远必诛的陈汤，明末学者王夫之评价班超是“古今未有奇智神勇而能此者”。他不仅维护了大汉的边境安全，更加强了中原与西域各族的联系，为维护统一、促进民族融合做出了卓越贡献。
西域平定，大汉的外部环境得到了稳定，但内部的问题又出现了，外戚和宦官，就像是两个毒瘤，开始在大汉的肌体上野蛮生长。那么，这两大毒瘤，谁才是杀死大汉的第一凶手呢？
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