大顺军初入城的前十天纪律特别严明，士兵犯抢劫及强奸罪被钉死、剐杀的有数百人。只是后来，随着时日推移，农民军军纪日益败坏。
山海关前的败绩
四月中旬，听闻山海关吴三桂“造反”，李自成坐不住了。他想让刘宗敏、李锦率军出征，但二将耽于京城内的淫乐享受，摇头不应。无奈之下，李自成只得“亲征”。
为了保险，他下令在平则门处决以大学士陈演为首的明朝大臣一百多人，并派兵把北京城内拷掠而来的银两整车整车运往“西京”（西安）。
四月十九日，李自成早晨发兵，他头戴绒帽，一身蓝布箭衣，打扮朴素。随行人中，除七八万精兵（号称二十万）外，还有吴三桂的父亲吴襄以及崇祯帝的三个儿子，均被人严加看守。
1644年年初，皇太极已死。主持清廷政局的多尔衮听说李自成在西安建立“大顺”政权，立刻派人前去联络，提出要“并取中原，同享富贵”。李自成对此没有做出回应。
三月初，农民军兵临城下，吴三桂接诏弃宁远，往山海关方向移动，清廷上下大为兴奋，准备借机南取中原。清廷汉人大学士范文程连忙献策：其一，可入边直取北京；其二，昔日以明朝为敌，此次入关后的敌人是农民军；其三，明朝积弱，必定灭亡，一定要趁此百年不遇的机会占领中原，特别是河北地区。
对此，多尔衮大为赞同。他下令征兵，男丁七十以下，十二岁以上，必须从军，可以说是倾尽全力。同时，多尔衮还听从范文程的建议，严肃纪律，力诫兵将进入明朝境内后勿再像以前那样只顾杀掠，要以安抚为主。
松山败后，由于极需人才，明廷并未严惩败逃的吴三桂，仅在名义上降三级使用，仍然派他固守宁远。吴三桂很知报恩，整日训练士卒，加强城防，把数千士兵扩展为数万人，器械一新。崇祯十六年（1643年），他还率兵多次击败清军的进攻，并拒绝其舅父祖大寿替清军对他的“招降”，很想做明朝的忠臣（当时他也不可能因舅而降，因为其父吴襄在北京，且受崇祯帝信用）。吴三桂离开宁远前，清军已经占领了中后所（今辽宁绥中）、中前所（今绥中前所）以及前屯卫。山海关之外，只有吴三桂孤军奋战，死守宁远孤城。
明廷下诏，指示吴三桂弃宁远回援京师，他当时确实闻命即上路。临行前，吴三桂下令把宁远城中的所有建筑皆烧毁，以免资敌。但由于宁远城内兵民相加共五十万人，人多物多，全部迁徙入关非常费事。沓沓而行，一天只能走数十里，直到三月十六日才抵达山海关。
此时的吴三桂，真很“仁义”，大有刘玄德当年之风。话说回来，他此举也是“妇人之仁”，君父在京，岌岌可危，最要紧的是回援京师。但话又说回来，他几万人马赶到北京，面对一百万农民军，也不一定是对手。
吴三桂安顿居民后，率部队疾驰入卫，三月二十日抵达丰润，却听说农民军已经在前一天攻破北京城。这时候，吴三桂平生第一次真正处于两难境地：孤军穷途，要么投降农民军，要么投降清廷。
思想斗争并不久，吴三桂就做出了抉择：投降李自成。
一来，自己老父陷于北京，为李自成扣押；二来，大明已亡，新朝甫建，不失为开国功臣。而且，与他同级的有兵有将有城的唐通、姜瓖等人都已经降附，他吴三桂投附，也算不甘人后，知天顺命。
李自成当然重视山海关方面的吴三桂，入京后即派人持檄招抚，表示他归大顺后“不失封侯之位”。北京城内的吴三桂父亲吴襄为全家性命打算，也“语重心长”亲笔写信来劝（也可能是被农民军所逼）。
（还有一说是李自成先派明朝降将唐通带兵持金帛迎降吴三桂并接管山海关。）
犹豫间，吴三桂得知大顺军在北京拷打明朝官员追赃之事，不少暗中逃出的官员遮道哭诉，吴三桂大失所望。
不久，当他得知父亲也被夹拷的消息，愤怒至极，决定不再入京，怕自投罗网后父子均遭杀戮。后人总是渲染吴三桂爱妾陈圆圆（陈沅）被刘宗敏抢掠奸污之事是他叛李自成的主要原因，其实这只是次要原因。前明遗老和清朝文人日后为了加重吴三桂的“罪行”，故意拿他“冲冠一怒为红颜”说事，以此反衬他对明朝的不忠与对父亲的不孝。
吴三桂与李自成撕破脸，自然要靠近背后咄咄逼人的清军。但当时吴三桂不是即刻降清，而是以大明朝孤臣义士的身份，向清廷“借兵复仇”。吴三桂请清军从喜峰口、密云等处入边，自己试图仍旧掌握山海关险隘来牵制清军。
当时，多尔衮所领大部清军的的确确不是往山海关方向走。他听从洪承畴建议，怕李自成农民军烧空抢光北京后西遁西安，正急行军想从蓟州、密云等处进攻北京。接到吴三桂密信，多尔衮大喜过望，立刻改变主力部队行军路线，直奔山海关而来。同时，他写信给吴三桂，许以“裂土封王”，要对方投降，而不是“借兵”。
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