不过报应真迅速。三年多以后，因为受人钱财卖官，孙之獬受弹劾，被夺职遣还老家淄川。这老贼恰好赶上山东谢迁等人起义。义军攻入淄川城，孙之獬一家上下男女老幼百余口被愤怒的民众一并杀死，备极惨毒。
孙之獬本人被五花大绑达十多天，被押期间五毒俱下。义军百姓在他头皮上戳满细洞，人们争相用猪毛给他重新“植发”，最后，还把他的一张臭嘴用大针密密缝起，然后把他肢解碎割而死。
“嗟呼，小人亦枉作小人尔。当其举家同尽，百口陵夷，恐聚十六州铁铸不成一错也！”此种下场，连仕清的汉人士大夫也不免幸灾乐祸。
剃发令下后，太仓、秀水、昆山、苏州、常熟、吴江、嘉定等广大地区义民顿起，纷纷杀死清军安排的地方官吏，开始了反清复明的抵抗运功。其中有嘉兴徐石麒、松江沈犹龙、常熟何沂、太湖徐云龙、昆山朱集璜等。
多铎忙派八万清军回师江南，并以李成栋这样的明朝降将为主力，进攻义军占领的城市。仅在昆山和江阴两地，清军就杀害了十多万起义的居民。
昆山本来局势平静，剃发令下，“人心方骇”，民众争起，杀掉清军委任的阁丞茂才，烧掉县衙，并把巡抚官署也一把大火烧为平地。
清军李延龄受李成栋指派，以铁骑围城，先杀义民数千。而后，清军入城，开始屠城，大杀三天，方下令“封刀”。
是两日天气晴明，而风色惨淡，空中无一飞鸟，暮皆大雨，震雷轰烈……初八日，王师（清军）拘掠千艘，载虏获西去。约计城中男妇逾垣得出者，十无一二。巧掩得全者，百无一二。骤遇炎雨，尸皆变色……其死之状，有倚门、卧床、投阁、板槛、反缚、攒捆、压木柱、斩首、斫颈、裂肩、断腰、剜肠、陷胸、肢解、寸磔种种之异，以至悬梁挂树，到处皆是；井坎池潭，所在皆满，呜呼惨矣！（吴伟业《鹿樵纪闻》）
李成栋明将出身，善用大炮攻城。屠掠昆山后，他又率清军拥数十门巨炮，进攻江阴城。一时间炮声震天，江阴城墙多处塌落。在此之前，江阴军民先上演一出真假“空城计”，大开城门，诱清军入城，夜中时分伏兵四起，斩清军大将一名并杀掉早已叛清的明将许定国（杀高杰那位）。
李成栋军猛攻六天，才把江阴城攻克。
江阴城虽不大，抵抗最力，最后阖城遇屠，情状惨烈！
1645年7月底，李成栋率所部五千多人向嘉定进逼，在路上就开始奸淫杀烧。嘉定居民在明朝进士黄淳耀等人带领下，用大木、巨石填塞城门，誓死拒守。
8月中旬，李成栋猛攻嘉定城北的娄塘桥，杀死上万民众。8月24日夜，由于天降大雨，城上不能张灯，李成栋趁黑派兵潜伏于城根下挖地道，在其中暗埋火药。黎明时分，李成栋用大炮猛轰，引燃火药，地裂天崩，城墙倒塌，清军乘间蜂拥而上，由于军士在屋顶上奔驰，一时间通行无阻。最终，城内难民不得逃生，皆纷纷投河而死，河水为之不流。黄淳耀兄弟奋战力竭，最后相对自缢殉国。
由于李成栋的弟弟在此之前在一江伏击战中被杀死，出于野蛮的报复之心，他下令部下屠城。“（李）成栋持刀，下令屠城，约日入后闻炮即封刀。时日暑正长，各兵遂得悉意穷搜，家至户到……”（吴伟业）
清军受命，家至户到，小街僻巷，无不穷搜。乱草丛棘，必用长枪乱搅，一心要杀个鸡犬不留。
当时的惨景，有亲历者朱子素的《嘉定屠城略》作证，“市民之中，悬梁者，投井者，投河者，血面者，断肢者，被砍未死手足犹动者，骨肉狼藉”，简直就是一幅活的人间地狱图！
清军遇见年轻女人，就当众白昼轮奸。如遇抵抗的妇女，这些人形兽心者就用长钉把抵抗妇女的双手钉在门板上，然后再肆行奸淫。一顿杀戮过后，李成栋属下四处劫掠财物，见人就喊“蛮子献宝”，随手一刀，也不砍死。如果被砍人拿出金银，清兵（其实是前明军）就欢跃而去；那些腰中金银不多的居民，必被砍三刀，或深或浅，刀刀见骨。当时刀声豁然，遍于远近。乞命之声，嘈杂如市。
最后，这五千拖着大辫子的汉人清军竟抢夺三百大船的财物，统统在李成栋的指挥下运离嘉定。此为“嘉定一屠”，共有近三万人被屠杀。
几天之后，有一名叫朱瑛的义士聚集逃跑于周遭的民众共两千多人，重新回到嘉定，并处死归降清军的叛贼和清军委派的官吏，在葛隆一带还设伏消灭了李成栋的一支小分队。
气恼至极的李成栋忙率军回攻嘉定，并在路上把葛隆和外冈两个镇子的居民全部杀光。被民众赶走的清军委派县令浦嶂为虎作伥，领着李成栋军士直杀入城里，把许多还在睡梦中的居民杀个精光，积尸成丘，然后放火焚尸。浦嶂不仅把昔日几个朋友娄复文等人整家杀尽，还向李成栋进言：“若不剿绝，必留后患！”清军杀得性起，嘉定又惨遭“二屠”。
二十多天后，原来南明的一个名叫吴之番的将军率余部猛攻嘉定城，周边民众也纷纷响应，竟在忽然之间杀得城内清兵大溃出逃。不久，李成栋整军反扑。吴之番所率兵民大多未经过作战训练，很快就溃不成军，吴将军自己提枪赴阵而死。李成栋军第三次攻城，不仅把吴将军数百士兵砍杀殆尽，顺带又屠杀了近二万刚刚到嘉定避乱的民众，血流成渠，是为“嘉定三屠”。
经过如此残酷的“三屠”，江南大部分地区才开始剃发，自称大清顺民。
可见，血海肉山终于使反抗的烈焰渐趋熄灭。李成栋因为这些“赫赫”功劳，被提拔为江南巡抚。不久，清廷又把他调往东南，派他去平灭南明的另一个皇帝隆武帝。
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