张献忠巨贼数十万长驱直犯夔州。秦良玉驰援，由于众寡太悬殊，兵败而去。她的失败，标志着蜀地的沦陷。
张献忠相继攻克万县、重庆、成都，并在当年年底称帝，建立“大西”政权。
张献忠占领蜀地，只有遵义、黎州及秦良玉的石柱地区未归于“大西”。慑于秦良玉威名，张献忠部无一兵一将敢于入犯石柱。投降张献忠的明朝官员屁颠颠向各地土司送去大西政权印信，各地土司大多出于畏惧而接受。秦良玉接到印信，马上当众毁之，慷慨言道：“吾兄弟二人皆死王事，吾以一孱妇蒙国恩二十年，今不幸至此地步，怎能以残余之年以事逆贼！石柱一地有敢从贼者，族诛之！”
不久，又有噩耗传来，秦良玉独子马祥麟先前被明廷征调到湖广御敌，战死于襄阳。死前，他给母亲写信：“儿誓与襄阳共存亡，愿大人勿以儿安危为念！”
见儿子绝笔血书，秦良玉泪下如雨，心如刀割。但她乃大义妇人，提笔在信纸上写道：“好！好！真吾儿！”
秦氏、马氏二族，可称上是满门忠烈，数年之间，死于国事者甚众。
清廷占据北京后，残余的南明政权相继有弘光、隆武、永历数帝，秦良玉皆与之保持联系。但山高水远，秦良玉本人年逾古稀，不可能再有较大作为。
1648年，在西南颠沛流离的南明永历帝派人加秦良玉太子太傅，授四川招讨使。久卧病床的一代女豪杰，闻之瞿然而起，拜伏受诏，感泣道：“老妇人朽骨余生，实先皇帝（崇祯）恩赐，定当负弩前驱，以报皇恩！”
可惜的是，几日之后，秦良玉就因病重抱恨而终。其孙马万年把奶奶葬于回龙山，墓碑题文可彰示这位女中丈夫不屈的民族气节和赫赫功勋：
明上柱国光禄大夫镇守四川等处地方提督汉土官兵总兵官持镇东将军印中军都督府左都督太子太保忠贞侯贞素秦太君墓。
“土司”婆娘自不必说，生活时代无法选择。而张献忠狂贼的军队，绝非“人民”的队伍，他们几乎把川人杀绝、吃绝。张献忠肆意屠杀了上百万的四川人民，这位巨寇，才真是“双手沾满人民鲜血的大刽子手！”
道德标准，总因时代嬗变而有所不同。但忠、孝、义三个字，恒久常新。
秦良玉一汉族妇女，数十年在地区自治间安乡护土，心向中央政府，忠贞不贰，破家为国，数赴国难，终为大明铮铮直臣。至死不叛变，不降清，大义凛然。这样的奇女子，连封建文人也叹息称绝，题咏连连。
清代词人钱枚有《金缕曲》一首。他因见这位女英雄小像而发慨叹，持笔濡墨，写词褒赞，艺术性地概括了秦良玉卓尔不凡的传奇人生：
明季西川祸，自秦中、飞来天狗，毒流兵火。石跓天生奇女子，贼胆闻风先堕，早料埋、夔巫平妥。应念军门无将略，念家山、只怕荆襄破。妄男耳，妾之可。
蛮中遗像谁传播。想沙场、弓刀列队，指挥高坐。一领锦袍殷战血，衬得云鬟婀娜。更飞马、桃花一朵。展卷英姿添飒爽，论题名、愧煞宁南左。军国恨，尚眉锁。
而歌颂秦良玉最让人感动的诗篇，当出自清末女英雄秋瑾。二人同为巾帼女儿身，自然别有一番真味在诗中：
古今争传女状头，谁说红颜不封侯。
马家妇共沈家女，曾有威名振九州。
搘撑乾坤女土司，将军才调绝尘姿。
靴刀帕首桃花马，不愧名称娘子师。
莫重男儿薄女儿，平台诗句赐娥媚。
吾侪得此添生色，始信英雄曾有雌。
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