正是由于这位女中丈夫调度有方，奢崇明叛军终于难成气候，出战即败。但当时川地一带诸土司“自治”部落皆收受叛军贿赂，大多数逗留观望，唯独秦良玉率石柱兵奋勇直前，连获红崖墩大捷、观音寺大捷以及青山墩大捷。如此一来，不仅成都围解，重庆也很快得以收复，叛乱得平。
明廷叙功，秦良玉得授总兵一职，成为方面大将，她的兄弟和子侄皆获擢升。
川地甫定之后，鉴于作战中明朝官军的“熊包”表现，秦良玉上书奏称：“臣率（秦）翼明、（秦）拱明（她的两个侄子）提兵裹粮，累奏红崖墩诸捷。而（明朝官军）行间诸将，未睹贼面，攘臂夸张。及乎对垒，闻风先遁。败于贼者，唯恐（别）人之胜；怯于贼者，唯恐（别）人之强。如总兵李维新，渡河一战，败衄归营，反闭门拒（见）臣（秦良玉自称），不容一见。（李维新）以六尺躯须眉男子，忌一巾帼妇人（自称）, （其）静夜思之，亦当愧死！”
疏上，由于明廷正需石柱这样的地方力量，天启帝“优诏报之”，并下令文武大臣对秦良玉皆要以礼相待，不得疑忌。感动之下，秦良玉更加为明廷卖命，其弟秦民屏不久即在陆广作战中战死沙场。
崇祯三年（1630年），皇太极攻榆关不入，便率十万“辫子兵”绕道长城喜峰口入侵，攻陷遵化后，进抵北京城外，连克永平四城，明廷大震。
秦良玉得到十万火急的勤王诏书之后，即刻提兵赴难，星夜兼程，直抵宣武门外屯兵。当时，闻诏而至的各路勤王官军共二十万有余，但都畏惧清兵的狠勇，无人带头出战。秦良玉带领的“白杆兵”人数虽然仅有数千，但一直为清兵所忌惮。昔日浑河血战，让清军再也忘不了这些身体矮小手持超长锐矛的士兵。因此，“白杆兵”呐喊冲杀之际，清兵便心自发怯，加上明军中又有孙承宗这样的老将与秦良玉配合，最终迫使皇太极连弃滦州、永平、迁安、遵化四城，撤围而去（当时未能攻下山海关，也是清军撤兵原因，他们怕日后遭首尾截击）。
北京围解之后，崇祯帝大加感慨，特意在北京平台召见秦良玉，优诏褒美，赏赐彩帛美酒，并赋诗四首以彰其功：
其一
学就西川八阵图，鸳鸯袖里握兵符。
由来巾帼甘心受，何必将军是丈夫。
其二
蜀锦征袍自裁成，桃花马上请长缨。
世间多少奇男子，谁肯沙场万里行！
其三
露宿风餐誓不辞，饮将鲜血代胭脂。
凯歌马上清平曲，不是昭君出塞时。
其四
凭将箕帚扫虏胡，一派欢声动地呼。
试看他年麟阁上，丹青先画美人图。
观崇祯皇帝有生之年，享国日浅，遭逢多难，很少有闲情逸致吟诗作赋，除赠秦良玉诗外，仅有赠杨嗣昌的五绝诗传世。
迢迢西南边陲一位女土司，竟能得到大明皇帝面见赐诗。秦良玉当属古往今来第一人。
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