袁崇焕像
特别可恨的是，毛文龙为了虚报战功领赏，往往将被后金强迫剃发的辽民杀掉，上献首级冒功。所以，连朝鲜人都在忍无可忍之际数落他：“都督（指毛文龙）不修兵器，不练军士，少无讨虏（后金）之意，一不交战而谓之十八大捷，仅获六胡（后金人）而谓之六万（首）级，其所奏闻天朝（明廷），无非皆欺罔之言也。”
袁崇焕任蓟辽督师后，为了加强山海关的正面防守，将旅顺以西划归宁远、旅顺以东划归东江，实际上压缩了毛文龙的东江镇辖治范围。同时，袁崇焕把东江饷道从原来的登莱而出改为从宁远而出。这就堵住了毛文龙冒饷的漏洞，同时严打他在海上的走私贸易。
袁崇焕对毛文龙冒饷以及潜通后金一事一清二楚，便以阅兵为名，泛海与其相会。
当时，袁崇焕并不想杀毛文龙。他与毛文龙欢饮数日，商谈军事，并提出设监司、更营制、杜绝海上走私等主张。毛文龙坚拒不从。于是，袁崇焕暗示他可以“光荣”退休。这位毛大帅大大咧咧地回答：“我先前倒想回家退养，但现在朝中大将熟谙辽事的，唯我一人，灭奴（后金）之后，趁朝鲜衰弱，我准备发兵灭其国家。”
见毛文龙有割据朝鲜自谋的意思，袁崇焕下定决心要杀掉他。
于是，袁崇焕以邀毛文龙在山上观将士射箭为名，事先设下埋伏，把他请到自己帐中。由于在自己地盘内，毛文龙不疑，率将官兵卒上山。入帐前，其手下士兵均被袁崇焕卫士拒于账外。
坐定后，袁崇焕首先说道：“毛公海外重寄，为国辛苦，当受我一拜！”宾主交拜后，他又向跟随毛文龙入帐的数十亲信将领表示：“君等积劳海外，请也受我一拜，望诸君为国尽力！”众人皆顿首还礼。
袁崇焕落座，忽然变色，诘问毛文龙为何不服从朝命。
毛文龙也气，心想这位袁爷脸变得这么快，太不给自己面子，马上高声抗辩。
袁崇焕起身，厉声责叱，命卫士剥去毛文龙冠带，把他当众缚起。
毛文龙手下将官人数虽然不少，但事出仓促，皆不敢有所动作。
毛文龙本人仍旧怒气勃勃，跳脚高叫。袁崇焕站定，手执尚方宝剑，一一历数毛文龙的十二斩罪：
尔有十二斩罪，知之乎？祖制，大将在外，必命文臣监。尔专制一方，军马钱粮不受核，一当斩。人臣之罪莫大欺君，尔奏报尽欺罔，杀降人难民冒功，二当斩。人臣无将，将则必诛。尔奏有牧马登州取南京如反掌语，大逆不道，三当斩。每岁饷银数十万，不以给兵，月止散米三斗有半，侵盗军粮，四当斩。擅开马市于皮岛，私通外番，五当斩。部将数千人悉冒己姓，副将以下滥给札付千，走卒、舆夫尽金绯，六当斩。自宁远还，剽掠商船，自为盗贼，七当斩。强取民间子女，不知纪极，部下效尤，人不安室，八当斩。驱难民远窃人参，不从则饿死，岛上白骨如莽，九当斩。辇金京师，拜魏忠贤为父，塑冕旒像于岛中，十当斩。铁山之败，丧军无算，掩败为功，十一当斩。开镇八年，不能复寸土，观望养敌，十二当斩。
数毕其罪状，毛文龙丧魂落魄，哑口无言，只得叩头乞免。
袁崇焕厉声询其部将：“毛文龙罪状当斩否？”
这些人皆被震住，皆惶恐唯唯。
于是，袁崇焕命人把毛文龙推出帐外，以御赐尚方宝剑立斩其首，宣示其罪。
当时，毛文龙麾下健校悍卒数万，深惮袁崇焕大帅之威，无一人敢动。
转日，袁崇焕命人取棺厚葬毛文龙，具牲醴拜奠，哭言道：“昨日斩尔，朝廷大法；今日祭尔，僚友私情。”
然后，他分毛文龙手下二万八千兵为四协，分由毛文龙之子毛承祚、副将陈继盛、参将徐敷奏、游击刘兴祚分别掌管。接着，袁崇焕犒劳军士，尽除毛文龙虐政。
崇祯帝闻毛文龙被杀，登时大骇。如此方面镇将被杀，确实出乎意料。但由于当时正倚重袁崇焕，崇祯帝只得优旨褒答，认定他杀得好，并下诏宣谕毛文龙罪状。后来，这反而成为袁崇焕被杀的一条罪名：擅杀大将。
当时与后世，均有好事者认为，袁崇焕杀毛文龙，是中了后金的反间计，自剪羽翼，亲痛仇快。这些人往往以东江镇日后耿仲明、孔有德、尚可喜等人叛明降清为口实，认为皆是由于毛文龙之死引致。
其实，袁崇焕杀毛文龙后仅仅几个月，皇太极就从长城逾入内地。袁崇焕急忙携军救援。崇祯帝偏中皇太极“反间计”，自毁长城，杀掉了袁崇焕。
如果袁崇焕不死，以他的指挥控制能力，东江镇兵将肯定会被打造成为一支恢复辽东的劲旅。而假如毛文龙不死，这个跋扈明将很有可能会叛明降清，日后也不会附于《袁崇焕传》，肯定会被清代史官编入《贰臣传》中。
毛文龙被杀的三个月后，皇太极率兵绕过山海关，由蓟镇长城的长安、龙井关、洪山口毁边墙入寇，并攻占遵化、迁安、永平、滦州四城。
后金军忽然出现在北京城外，对北京展开围攻，即明人所称的“己巳虏变”。
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