进入崇祯六年后，山东营兵也彻底被方云掌控，山东现在有两个总兵，分别是山东总兵与登莱总兵，其中登莱总兵由方云兼任，山东总兵还是刘泽清。
山东的营兵在崇祯五年后半年时期，被方云整编成两支部队，一支由方云自己掌握，一支由山东总兵刘泽清管理。不过原来是因为有孙元化在，打着孙元化的旗号，方云可以名正言顺地指挥刘泽清。
孙元化被调走后，方云又与山东的士绅彻底对立，那一段时间刘泽清一直蠢蠢欲动，想要借机彻底掌控他手中的九千兵马。
只可惜朝廷并没有就方云在山东翻云覆雨做出什么激烈的反应，方云又巧妙地利用山东百姓的民心，化解了不利于他的官场形式。
限租令顺利推行之后，方云对山东的掌控力度进一步加强，最为重要的一点就是，山东财政收入基本纳入了方云督军府的掌控。
因此孙元化被调走之后，方云对军队的掌握力度不但没有被削弱，反而大大加强，因为不管是破虏军，还是山东原来的营兵，军饷都是由督军府负责。
刘泽清要是不听话，方云什么也不用做，直要断了刘泽清的军饷，他麾下几千人就得去和西北风了。
崇祯不敢断辽饷是因为他担心辽东军会兵变闹饷，但是方云就完全没有这个忧虑了，方云巴不得刘泽清立刻发动兵变闹饷了，这样他就可以名正言顺出兵把刘泽清给剿了。
只可惜刘泽清也是一个非常善于察言观色的人，现在山东的风向明显不对劲，所有和方云作对的人都倒了大霉，连王爷和衍圣公都奈何不了方云。
而且刘泽清还得到消息，山东巡抚朱大典最近一直都在找人托关系，想要离开山东这个漩涡之地，对刘泽清来说，朱大典可是一个不择不扣的大佬，可现在连大佬都因为被架空了，在山东待不下去了，更何况自己区区一个山东总兵。
知道朱大典要走的消息后，刘泽清心里是绝望的，如果朱大典愿意带自己走的话，刘泽清绝对会毫不犹豫地选择追随朱大典。
哪怕朱大典是文官，文官虽然瞧不起他们这些武人，但同样也不会干涉到军队内部，这样至少能军队还是他刘泽清的。可要是继续留在山东，早晚会被方云吞并。他看似一镇总兵，可除了指挥权，其他什么权利都没有，就连想吃点空饷都极为困难。
只是可惜如果朱大典还在山东当巡抚的话，刘泽清这个山东总兵对朱大典来说还有些用处，可朱大典现在已经打定主意不在山东干了，甚至连自己的抚标营都解散了，一个山东总兵对朱大典来说，已经没有了一点利用价值。
朱大典有同僚，师兄师弟，东林党官员的帮吗，只要在花些银子，想要离开山东去别的任职，一点问题都没有。但刘泽清就没有这个能力了，他要是想主动离开山东，只有辞职一套路可选。
但刘泽清好不容易才混到山东总兵的位置，自然不甘心就这样挂印而去，重归于江湖，所以明知道方云会吞并他的兵马，刘泽清也只能选择继续留在山东。
方云也没有和刘泽清见外，不光是登莱总兵、还是山东总兵，都是营兵制，编制可以任由主将修改，所以方云将刘泽清统帅的山东镇改为破虏军守备第一师，将自己负责的那部分山东兵改为破虏军守备第二师，每个师下辖三个团。
这样一来，整个山东就只有一支军队，那就是破虏军。当然对山东兵马的改编，只是换了一个称呼。
比如刘泽清的军职从相当于军长的军门降为师长，从和方云平级，真是成为方云的下属，但刘泽清的官职还是总兵。原来山东镇的参将副任师长，游击任团长，千总任营长，但士兵还是原来的士兵，武器还是原来的武器。
不过两个守备师的军服换成破虏军军服，军饷以后也直接由督军府派人直接发给士兵，包括刘泽清在内的军官，都只能接触到自己的军饷。
如果要举行演习等军事活动，需要提前向督军府打报告，督军府会有专业的人员根据军事行动项目作出评估，下拨经费。
此外，为了进一步掌控两支守备师，方云还从两个守备师抽调大批中低级军官到登州军校学习，不管愿不愿意，只要进了登州军校，以后他们的身份就是方云的学生。
而游击和游击以上的武将，方云也把他们都亲到了登州军校担任教官，主要负责培训守备师的军官。
除了守备师外，破虏军也重新调整了一下番号，第一旅和第二旅扩编成了第一师和第二师，师直辖团的编制。原来的第三旅，第四旅调整为混成第三、第四旅。
两万新兵被补充到第一师和第二师，剩下的三万新兵被编成三个混成步兵旅，依次为混成第五，第六，第七旅，其中混成第五旅即是原新编第五旅，三个混成旅都是由两个步兵团，直属炮兵营，警卫营，辎重营，骑兵哨组成在，每旅七千人。
剩下的九千新兵，全部归属督军府直辖，重炮团要扩编为重炮旅，骑兵团也需要扩编为骑兵旅，加上警卫旅，督军府直属部队就有三个旅，辎重团的规模也需要在扩大一些，剩下的新兵全部编为新兵团。
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