秦始皇统一中原以后的第九年，也就是公元前213年，有一天，秦始皇在咸阳宫摆席庆贺头一年打败匈奴等少数民族的大喜事。文武官员全都出席了，有七十个在学术思想上有名望有地位的博士也参加了这次宴会。宴会进行当中，博士的领袖周青臣举酒颂扬秦始皇的功德，他说：“早先秦国的疆域不到一千里，依赖陛下的英明，消灭了六国，统一了中原，赶走了蛮人和夷人。如今凡是太阳月亮照得到的地方，全都服从陛下的统治了。陛下废除了分封，设立了郡县制度，从此免除了战争的祸患，使得天下人人都能过着安乐的日子。这样的太平时世，必定能代代相传，直到千秋万世。陛下的威德，真是上古的那些三皇五帝也望尘莫及啊！”
秦始皇听了周青臣的颂扬，心里甜滋滋的，他连连点头夸奖周青臣道：“说得好！说得好！”可是这一番颂扬却触怒了另一些满脑子旧思想的博士们，有个叫淳于越的博士，他听周青臣说分封制不好，郡县制好，心里十分难过。他赶快往前走几步，急急忙忙地对秦始皇说：“陛下！我听别人说，殷周两国的国王传了一千多年，他们分封子弟功臣做诸侯，诸侯像众星拱月那样护卫中央朝廷，那个制度本来就好得很。如今陛下统一了中原，子弟却毫无地位和实权，将来万一出个像当年齐国田常那样谋篡王位的乱臣贼子又有谁能挽救得了那种局面呢？我听老一辈的人说过：事情不照老规矩办而想要长久，根本就不可能。现在周青臣又当面奉承陛下，加重陛下的过错，我看他不是忠臣。陛下还是应当重新谋虑关于分封子弟的事情才好！”淳于越又一次重提分封的事情，秦始皇听了心里有些厌烦。他叫大家再议论议论，看看究竟是分封制好，还是郡县制好。这时候已经升任丞相的李斯反对淳于越的谬论，他对秦始皇说：“古今时代不同，情况已经随着时代改变了，我们决不能再拿古代的制度到今天来实行。如今天下已经安定，法令已经统一，老百姓应当努力种田做工，读书人应当努力学习现行的法令制度。可是如今还有那么一些读书人，总是死抱住老一套的东西不肯放弃，老是根据过去古书上的记载来攻击当前的政治制度，这对于陛下的统治是很不利的，必须予以严厉禁止。我建议：史官所收藏的图书，凡属不是秦国的历史，全都拿来烧了；不是政府任命的博士官所收藏的《诗经》、《尚书》，而是私家收藏的这一类书籍，一律焚烧掉，杜绝混乱思想的根源。”
秦始皇觉得事情确实是这样，如果听任那些有旧思想的人到处宣扬旧制度，的确会妨碍他的统治。于是他决定接受李斯的建议，下令焚书，焚书的具体办法是：除了那些讲医药、占卜、种树一类的书以外，凡不是秦国史官所记的历史书，不是官府收藏而是民间所藏的《诗经》、《尚书》和诸子百家的书籍，在命令下达的三十天之内，都要缴到地方官那里去焚毁。以后还有偷偷谈论古书内容的，处死刑；借古时候的道理攻击当前政治的，全家都要处死；官吏知情不告发的，判处同样的罪；命令到达后三十天内不烧毁书籍的，在脸上刺字后罚去做四年长城的苦工；凡有愿意学习法令的人，只许跟着官吏去学，不许偷偷地照着旧时代的古书去学。
焚书的命令发布以后，各郡各县的官吏不敢怠慢，都立即严格地遵照命令去执行。他们派出许多士兵和办事的差役，到老百姓那里挨家挨户收缴书籍。在很短的时间内，到处都出现了焚书的熊熊烈火，焚烧那些刻写在竹木简上的古代书籍，使得中国的文化事业遭受了一次浩劫。秦国以外的历史书和记载着诸子百家学术思想的书籍，凡是收缴上来的，差不多全都给烧光了。秦朝以前的许多历史事实和学术思想情况从此失传。这是秦始皇摧残中国文化的一大暴行。
秦始皇下令焚书，使得许多读书人都非常反感，不仅那些有旧思想的人反对秦始皇的暴行，连一些在朝廷里享受着高官厚禄的博士，也都在暗地里议论，说秦始皇这样压制舆论，摧残文化，做得太过分了。
焚书的第二年，即公元前212年，有两个替秦始皇求不死药的方士侯生和卢生，偷偷地议论说：“秦始皇这个人，十分残暴，自信心太强。他在灭亡六国统一中原以后，自以为是从古以来最了不起的一个君主了。他专靠残酷的刑罚来统治天下，大臣们谁也不敢对他说真话，他对谁也不信任，大大小小的事情都得由他自己亲自来决定。像他这样贪图权势的人，咱们还是不要为他求仙药的好。”他们两个人商量好以后，就偷偷地带着从秦始皇那里领来的钱财，逃走了。
秦始皇听说读书人在背后说他的坏话，侯生、卢生还居然逃走了，十分生气，决定要狠狠地惩治他们。
于是秦始皇下了一道命令，叫御史大夫去查办那些在背后诽谤他的读书人。被抓去审问的人，受不了残酷的刑罚，为了给自己开脱，就一个一个地攀连其他的人，攀来攀去，一下子查出来有四百六十多个方士和儒生犯有嫌疑。秦始皇一怒之下，也不详细审问、查证核实，就叫人在咸阳城外挖个大坑，把他们全部都给活埋了。其实四百六十多人当中，真正反对秦始皇的只有少数人，大多数人都是含冤死去的。这是秦始皇对读书人的残暴屠杀。
秦始皇焚书坑儒，目的是想统一思想，压制那些反对中央集权制的思想和言论，但是他的做法太过分，太残暴了。焚书，毁灭了秦朝以前长期积累起来的文化财富；坑儒，杀害了许多精神财富的创造者。从此以后，秦朝宫廷里真正有学问的人大大减少，而那些专会阿谀奉承、欺上瞒下的奸贼如赵高之流，逐渐成了秦始皇身边的重要人物，秦朝开始走下坡路了。
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